Pemerintah menjamin penyelenggaraan PON XX Papua dari aspek kesehatan berada dalam lokasi dengan penerapan PPKM Level 2, yang berarti penyebaran Covid 19 cukup terkendali. Rencananya PON Papua akan dibuka secara resmi oleh Presiden Joko Widodo di Stadion Lukas Enembe, Kabupaten Jayapura, Papua, pada 2 Oktober 2021. Menteri Komunikasi dan Informatika Johnny G. Plate menjelaskan pemerintah bersama seluruh pihak yang terkait berusaha keras memastikan penyelenggaraan PON aman dari Covid 19 khususnya di wilayah dan venue pertandingan PON XX Papua.
PON Papua digelar di empat wilayah, yaitu Kota Jayapura, Kabupaten Jayapura, Kabupaten Mimika, dan Kabupaten Merauke. "Semua daerah penyelenggaraan PON Papua berada di PPKM level 2 yang memiliki tingkat penyebaran COVID 19 terkendali," ujar Johnny dalam keterangannya, Rabu (29/9/2021). Hal ini mengacu pada Instruksi Mendagri (Inmendagri) Nomor 44/2021 bahwa salah satu persyaratan kegiatan olahraga adalah jumlah warga yang divaksinasi.
"Kegiatan olahraga bisa dijalankan jika vaksinasi Covid 19 mencapai 60 persen," ujar Menkominfo. Pemerintah juga terus menggencarkan vaksinasi, terutama di 4 klaster PON Papua. Capaian vaksinasi dosis 1 untuk Kabupaten Merauke, Kota Jayapura, dan Kabupaten Mimika saat ini telah mencapai lebih dari 60 persen.
"Sementara itu, Kabupaten Jayapura baru mencapai 57 persen, dan Kabupaten Keerom sebagai daerah penyangga sebanyak 53,7 persen," katanya. Sebelumnya, Direktur Jenderal (Dirjen) Bina Administrasi Kewilayahan (Adwil) Kementerian Dalam Negeri (Kemendagri) Safrizal ZA mengatakan, Menteri Dalam Negeri (Mendagri) Muhammad Tito Karnavian juga telah mengeluarkan Inmendagri untuk Gubernur, Bupati/Wali Kota Penyelenggara Pekan Olahraga Nasional (PON) XX Papua 2021 bernomor 46 Tahun 2021 pada Selasa 28 September 2021. Dalam Inmendagri tersebut penyelenggara diwajibkan untuk memastikan para atlet, ofisial, panitia, penonton, dan masyarakat di sekitar lokasi telah mendapatkan vaksinasi, minimal tahap pertama.
"Semua harus dipastikan sudah divaksin, minimal dosis pertama," ujarnya. Selain itu, pada diktum kedua Inmendagri disebutkan bahwa Bupati Jayapura harus dapat melakukan pembatasan jumlah penonton yang hadir langsung pada pada pelaksanaan acara pembukaan dan penutupan PON XX Papua. Kedua acara itu akan dilaksanakan di Stadion Lukas Enembe dengan yakni jumlah maksimal haridin sebanyak 10.000 orang, termasuk VVIP, VIP, Paspampres, TNI Polri, dan tenaga kesehatan.
Kemudian, dalam pelaksanaan PON ini, dari mulai acara pembukaan, pertandingan, sampai penutupan, penyelenggara diminta untuk terus berkoordinasi dengan Satuan Tugas Penanganan Covid 19 atau Badan Nasional Penanggulangan Bencana (BNPB).
